En el verano de 1994, Naughty Dog era todavía una empresa de dos personas, Andy Gavin y Jason Rubin, que acababan de vender a Universal Studios los derechos del juego de lucha Way of the Warrior para 3DO. Tras aceptar un acuerdo de servicios con el estudio, ambos se trasladaron de Boston a Los Ángeles, decisión que Gavin tomó abandonando su doctorado en el MIT.
Durante los tres días de viaje, alimentados a base de comida rápida y acompañados de su perro, los fundadores debatieron sobre su siguiente proyecto. Habían detectado que géneros como la conducción, la lucha y los juegos de disparos ya habían comenzado su transición al renderizado 3D, pero el género de plataformas con personaje, dominado por Mario, Sonic y Donkey Kong Country, seguía en dos dimensiones. Decidieron llenar ese hueco con el primer plataformas en 3D, una idea que bautizaron como el juego del "trasero de Sonic", porque el jugador pasaría buena parte del tiempo mirando la espalda del personaje en pantalla.
Para el proyecto se unieron el programador Dave Baggett y Mark Cerny, vicepresidente de Universal y creador de Marble Madness y Sonic 2. Tras evaluar las opciones del mercado —3DO, Sega Saturn, Sega 32X y Atari Jaguar—, los cuatro eligieron la misteriosa PlayStation de Sony como plataforma objetivo, invirtiendo 35.000 dólares en un kit de desarrollo. La decisión buscaba esquivar la competencia directa de Sega y Nintendo, que ya contaban con sus propias mascotas, y explotar un género entonces dominante en ventas.