Isomorphic Labs, filial de Alphabet, ha presentado los primeros resultados de su nuevo motor de diseño de fármacos IsoDDE, un sistema unificado de drug discovery computacional que, según la compañía, multiplica por más de dos la precisión de AlphaFold 3 en un exigente benchmark de generalización estructura proteína-ligando. La herramienta, descrita en un informe técnico, también predice afinidades de unión de moléculas pequeñas con una exactitud superior a la de métodos físicos de referencia como FEP+ —que requieren estructuras cristalográficas experimentales— en una fracción del tiempo y del coste, y es capaz de localizar nuevos bolsillos de unión en proteínas usando únicamente la secuencia de aminoácidos como entrada, sin necesidad de un ligando conocido.
En el benchmark 'Runs N' Poses', diseñado para evaluar la generalización a bolsillo y ligandos no vistos, IsoDDE más que duplica la precisión de AlphaFold 3 en los sistemas más difíciles y modela con éxito eventos fuera de distribución como ajustes inducidos y la apertura de bolsillos crípticos. En la predicción de interfaces anticuerpo-antígeno, supera a AlphaFold 3 por un factor de 2,3 y a Boltz-2 por 19,8 en régimen de alta fidelidad, con un rendimiento notable en el bucle CDR-H3, lo que abre nuevas posibilidades para el diseño de anticuerpos de novo.
La compañía subraya la utilidad práctica de la herramienta con el caso de la cereblona, donde IsoDDE reprodujo sin información previa tanto el bolsillo clásico de la talidomida como un segundo bolsillo alostérico y críptico descubierto experimentalmente en un estudio reciente. Los equipos de Isomorphic Labs ya están utilizando IsoDDE en sus programas internos de descubrimiento de fármacos.