El consumo de café en ayunas ha sido frecuentemente malinterpretado como perjudicial para la salud digestiva y la microbiota intestinal. Sin embargo, la evidencia científica actual demuestra que, lejos de ser un factor de daño, el café ofrece beneficios significativos para el ecosistema bacteriano y la integridad de la barrera intestinal. El principal mito a desmontar es la supuesta alteración del pH estomacal; dado que el estómago tiene un pH de 2,5 y el café tiene uno de 5, el impacto es mínimo y no genera una alteración ácida drástica ni aumenta la permeabilidad intestinal. De hecho, los polifenoles presentes en la bebida contribuyen a mantener la integridad de la mucosa gástrica.
Estudios internacionales indican que un consumo moderado de tres tazas diarias no altera negativamente la microbiota, sino que actúa de manera similar a los prebióticos. Compuestos como el ácido clorogénico y las melanoidinas estimulan el crecimiento de bacterias beneficiosas, como Lawsonibacter asaccharolyticus, Bifidobacterium, Lactobacillus y Faecalibacterium. Estos microorganismos son cruciales para la producción de ácidos grasos de cadena corta, como el butirato, que reducen la inflamación sistémica y nutren las células del colon. Además, aunque la cafeína puede elevar ligeramente el cortisol en personas no acostumbradas, los consumidores crónicos no presentan alteraciones relevantes en los niveles basales. La literatura científica reciente también descarta daños inmunitarios, destacando efectos hepatoprotectores y una mayor resistencia a la enfermedad del hígado graso. El único matiz es que, en casos de gastritis aguda o úlcera previa, los compuestos amargos pueden irritar temporalmente una barrera ya debilitada, pero esto es un problema mecánico de motilidad y no un daño intrínseco al microbioma.