Más de la mitad de las masas de agua subterránea de Baleares están en mal estado. Según los datos del Plan Hidrológico vigentes y publicados en el Portal de l'Aigua del Govern balear, 44 de las 87 masas de agua subterránea catalogadas en las islas —el 50,6%— suspenden en estado global, al no superar los umbrales exigidos de buen estado cuantitativo o químico.
La crisis tiene dos frentes principales. El primero es la escasez: 29 masas de agua suspenden en el apartado cuantitativo por extraer más agua de la que la lluvia repone. Informes del Observatori de l'Aigua indican que el consumo urbano y turístico supera las extracciones permitidas por el Plan Hidrológico, con Mallorca extrayendo un 8,5% más de lo asignado. En plena temporada estival, las reservas hídricas medias caen al 39% en Mallorca, al 42% en Ibiza y al 34% en Menorca, con zonas como Es Pont d'Inca, Sa Vileta o Santanyí como ejemplos de masas fuertemente sobreexplotadas.
El segundo frente es la calidad del agua: 39 de las 87 masas subterráneas están en mal estado químico, al superar los 50 mg/L de nitratos o los 250 mg/L de cloruros fijados por la normativa. En algunas zonas de Mallorca se han documentado concentraciones de nitratos de hasta 700 mg/L, catorce veces por encima del límite legal. El exceso de nitratos se debe al uso de fertilizantes nitrogenados y fitosanitarios, mientras que el aumento de cloruros responde a la intrusión marina derivada del bombeo intensivo en acuíferos costeros. Las bahías de Alcúdia y Pollença y el sur de Mallorca sufren procesos de salinización severos.