Investigadores han utilizado el sistema de inteligencia artificial AlphaFold para rediseñar proteínas de edición genética y minimizar los efectos fuera de diana, un problema de seguridad persistente en las terapias basadas en CRISPR. El trabajo se publicó recientemente en Nature.
Los sistemas de edición genética cuentan con tres componentes clave: un ARN guía que se empareja con la secuencia genómica objetivo, una proteína Cas (como Cas9) que refuerza la especificidad de la interacción y, en algunas plataformas, una maquinaria de corte. Aunque las terapias actuales diseñan ARN guía muy específicos, el genoma humano es tan extenso que secuencias similares aparecen por azar varias veces, lo que provoca ediciones erróneas en zonas no deseadas.
Para abordar esta limitación, el equipo modificó AlphaFold, originalmente creado para predecir la estructura de proteínas, con el fin de localizar las regiones de las proteínas Cas responsables de la aparición de estos errores. Una vez identificadas, modificaron esas zonas para reducir la frecuencia de cortes no deseados sin perder eficacia sobre la diana prevista.
Los autores sostienen que esta estrategia complementa los métodos previos, como la selección cuidadosa de secuencias guía y la creación de variantes Cas de alta fidelidad, y ofrece una nueva vía para hacer más seguras las futuras terapias génicas.