Un estudio del IESA-CSIC publicado en Biological Conservation ha confirmado que en la península ibérica no existe una sola especie de conejo, sino dos distintas, tras décadas en las que la comunidad científica las agrupaba bajo el nombre de conejo europeo. Hasta ahora se aceptaba que existían dos subespecies, Oryctolagus cuniculus cuniculus y Oryctolagus cuniculus algirus, pero los nuevos datos genéticos, morfológicos, ecológicos, reproductivos, parasitológicos y de microbioma demuestran que las diferencias son lo bastante profundas como para elevar el linaje del suroeste ibérico a especie propia, el conejo ibérico. El linaje del este y norte peninsular, cuyas poblaciones se han introducido en el resto del mundo, conservará el nombre de conejo europeo.
La divergencia entre ambos linajes se estima en unos dos millones de años y se explica por el aislamiento de las poblaciones originales en distintos refugios climáticos del sur de Europa durante las glaciaciones del Pleistoceno: uno en el valle del Ebro y otro en las inmediaciones del golfo de Cádiz. Investigaciones recientes han documentado incluso incompatibilidades cromosómicas en las zonas de contacto entre ambos linajes, lo que apunta a un proceso de especiación incipiente.
El cambio taxonómico tiene implicaciones directas para la conservación. El área de distribución del nuevo conejo ibérico coincide en buena parte con la del lince ibérico, especie amenazada cuya supervivencia depende de la abundancia de conejos. Reconocer al conejo ibérico como especie endémica propia de la península y del norte de África redefine las prioridades de gestión de sus poblaciones.