Los manglares almacenan la mayor parte de su carbono bajo la superficie, en capas de sedimento anegado que se acumulan durante siglos gracias a las mareas y a la baja oxigenación del suelo. Un estudio global de 2018 calculó que estos bosques contienen unos 4.200 millones de toneladas de carbono, de las cuales aproximadamente 3.000 millones se encuentran en el primer metro de suelo; otra investigación elevó esa cifra hasta 6.400 millones de toneladas únicamente en los suelos. Cuando los manglares se talan para construir piscifactorías, arrozales o plantaciones de palma, el carbono enterrado queda expuesto y puede liberarse a la atmósfera como CO2. Entre 2000 y 2012 la superficie mundial de manglares se redujo alrededor de un 2%, lo que supuso la pérdida de hasta 86 millones de toneladas de carbono, equivalentes a unos 320 millones de toneladas de CO2, y unas emisiones anuales asociadas de 24 millones de toneladas de CO2, comparables a las de Myanmar. Indonesia, Malasia y Myanmar concentraron más del 75% de las emisiones de carbono del suelo ligadas a la deforestación de manglares entre 2000 y 2015, y detener esa pérdida en Indonesia podría reducir entre un 10% y un 31% las emisiones nacionales por uso del suelo. El Sudeste Asiático conserva unos 4,7 millones de hectáreas, un tercio de los manglares del planeta, pero sigue bajo presión por la acuicultura y los cultivos comerciales.
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