Todas las divisiones del metro de Nueva York utilizan un sistema conocido como señalización en vía con luces de color por bloques. Las señales se sitúan físicamente al costado de la vía, funcionan con colores de luces y dependen de la división del trazado en circuitos de vía que detectan eléctricamente la presencia de trenes. Casi todas las líneas actuales usan esta señalización clásica, cuyos principios no han cambiado de forma significativa desde la inauguración del IRT en 1904. Tecnologías más recientes, como la señalización en cabina y los sistemas basados en posición y radio, se están implantando poco a poco; la primera línea en migrar es la L, elegida porque no comparte vía con otras rutas y tiene un patrón de servicio simple, sin expresos.
El trazado se divide en circuitos mediante juntas aislantes en los rieles; las ruedas y ejes de los trenes cortocircuitan los dos carriles para señalar su presencia en un bloque. Cada señal tiene una longitud de control, definida como el número de bloques completos más allá de la señal cuya ocupación la obliga a ponerse en rojo, lo que garantiza la separación entre trenes. Una señal en verde o amarillo indica que su longitud de control está libre de peligros. El metro se apoya en paradas automáticas que detienen a los trenes desobedientes antes de llegar a la obstrucción, con longitudes de control solapadas para mantener al menos una señal de distancia entre convoyes.
Cerca de los cambios de agujas, las señales se controlan de forma coordinada mediante un enclavamiento, normalmente operado por un regulador de torre. La guía incluye páginas sobre señales de aproximación, paradas de tren, señales horarias, enclavamiento, señales de aguja, señales de cartel, señales de retención y tráfico bidireccional, además de diagramas unifilares y un simulador interactivo (NXSYS) que reproduce las principales características de la señalización del metro de Nueva York.