El comando cp de GNU coreutils ha unificado las opciones -r y -R para copiar directorios recursivamente, eliminando la distinción técnica que existía en sus inicios. En 1992, la primera versión del software diferenciaba entre ambas: -r activaba la copia recursiva pero también trataba los directorios como archivos regulares, mientras que -R activaba la copia recursiva sin ese comportamiento adicional. Esta diferencia desapareció en 2002, cuando se fusionaron ambas opciones en el código fuente, una decisión que se mantiene vigente en la actualidad.
Sin embargo, la distinción sigue siendo relevante en otros sistemas operativos. En OpenBSD 7.9 y NetBSD 11, el manual y el código fuente conservan una implementación separada para -R, aunque desaconsejan el uso de -r. La principal razón para mantener esta separación en estos sistemas es la consistencia con otras utilidades del sistema, como chown, que reconoce explícitamente la opción -R pero no la -r. El estándar POSIX 1-2024 respalda esta preferencia, indicando que la opción -R fue añadida como sinónimo cercano a -r para garantizar la coherencia con otras opciones de descenso recursivo de directorios en el volumen de estándares, mientras que -r se considera una práctica histórica de los sistemas BSD que ya no está especificada en la norma actual.